Relațiile cu Republica Moldova se desfășoară în cadrul Acordului de Asociere UE - Moldova, care a intrat în vigoare în iulie 2016 (aplicat provizoriu începând cu 2014).

Crearea și implementarea zonelor de liber schimb aprofundat și cuprinzător (DCFTA) cu Georgia, Republica Moldova și Ucraina deschid noi oportunități comerciale și investiționale, precum și un cadru de funcționare mai stabil pentru companiile din UE și din regiune. Uniunea Europeană este partenerul comercial numărul unu pentru toți cei trei parteneri DCFTA. Ponderea UE în totalul comercial al celor trei parteneri DCFTA a crescut în ultimii ani, iar în 2016 s-a majorat la 55% pentru Republica Moldova, la 41% pentru Ucraina și la 30% pentru Georgia.

UE, în cooperare cu instituțiile financiare, a adoptat programe esențiale pentru a ajuta întreprinderile mici și mijlocii din Georgia, Ucraina, Republica Moldova, Tunisia și Maroc să facă față provocărilor legate de pregătirea tehnică, competitivitate și integrarea lanțului de valori, inclusiv sectoarele - cheie agricultura și producția.

Regimul liberalizat de vize acordat de UE Republicii Moldova în 2014, care a permis peste 850 000 de cetățeni moldoveni să călătorească fără viză în spațiul Schengen, funcționează bine, cu o rată foarte scăzută de refuz.

În ceea ce ține de securitate, „UE a sprijinit desfășurarea dialogurilor privind conflictele care afectează Ucraina, Georgia, Moldova, Armenia și Azerbaidjan, cu scopul de a găsi soluții pașnice și durabile”.

Eforturile UE „au contribuit la revigorarea discuțiilor de la Berlin din iunie 2016 privind reglementarea conflictului și la adoptarea unui protocol între părți cu privire la principalele probleme care trebuie soluționate pentru a promova soluționarea conflictului care a afectează Republica Moldova de 25 de ani. Începând cu 1 ianuarie 2016, regulile DCFTA dintre UE și Moldova au fost extinse în regiunea transnistreană, ceea ce a permis operatorilor economici din regiune să beneficieze în continuare de comerțul preferențial cu UE”, se mai spune în raport.