Documentul prevede atribuțiile de bază ale Agenției în următoarele domenii: supravegherea de stat a sănătății populației, controlul de stat în domeniul sănătății, monitorizarea și evaluarea stării de sănătate a populației, organizarea și desfășurarea procesului de evaluare,  acreditarea unităților medico-sanitare și farmaceutice și siguranța ocupațională.

Instituția va fi condusă de un director, specialist calificat în domeniile igienă, epidemiologie și sănătate publică, numit în funcție de către ministrul Sănătăţii, Muncii şi Protecţiei Sociale, iar efectivul-limită de personal  al acesteia va fi de 1560 de unităţi.

Totodată, în cadrul autorității va fi instituit Consiliul de coordonare, fără personalitate juridică, care va eficientiza comunicarea şi colaborarea intersectorială în fortificarea cadrului legal, conform cu legislaţia comunitară, precum şi va stabili un mecanism de implementare eficientă a activităţilor în domeniul sănătății publice.