În 2013 Consiliul Concurenței a înaintat o acțiune în instanța de judecată privind încasarea amenzii în mărime de 1 389 039,59 lei în bugetul de stat de la Î.S. Calea Ferată din Moldova pentru încălcarea Legii cu privire la protecția concurenței. Ca urmare a finalizării cauzei date în instanța de judecată, acțiunea Consiliului Concurenței către Î.S. Calea Ferată din Moldova a fost admisă integral.

Amintim că în perioada 6 octombrie 2011-13 iunie 2012 Calea Ferată din Moldova, pentru prestarea serviciilor de transport feroviar de mărfuri, a aplicat față de unii agenți economici un tarif diferențiat în raport cu alți agenți economici, astfel defavorizându-i.

În urma finalizării investigației Plenul Consiliului Concurenței a stabilit situația dominantă deținută de Calea Ferată din Moldova pe piața serviciilor de transport feroviar de mărfuri, precum și încălcarea art. 6 lit. (d) din Legea nr. 1103-XIV din 30.06.2000 cu privire la protecția concurenței, manifestată prin aplicarea tarifului internațional pentru serviciile de transport feroviar la transportarea mărfurilor atunci când un punct de plecare/destinație este Portul Internațional Liber „Giurgiulești", iar altul fiind orice alt punct de plecare pe teritoriul Republicii Moldova.