Totodată, ca și până în prezent AIPA va avea subdiviziuni teritoriale cu statut de secții sau servicii. Instituția  va fi condusă de un director, asistat de doi directori adjuncți, care vor fi numiți sau suspendați din funcții de către ministrul Agriculturii, Dezvoltării Regionale și Mediului.

Într-un comunicat de presă emis de către Guvern este specificat că restructurarea va genera cheltuieli neplanificate pentru zilele de concediu neutilizate și pentru îndemnizația de eliberare din serviciu în sumă estimată la 1,2 milioane de lei. În cazul în care persoanele vizate nu vor accepta numirea într-o funcție publică, cheltuielile vor fi și mai mari și vor atinge cifra de 3 milioane de lei.