Pentru FC Porto, Militao a debutat rapid, în septembrie 2018, când a și dat o pasă de gol. Primul gol pentru Porto l-a marcat pe 28 noiembrie 2018, în meciul cu Schalke, 3-1, din faza grupelor Champions League. În campionatul Portugaliei, Militao a marcat prima dată pe 3 ianuarie 2019, în victoria din deplasare cu Desportivo Aves.

Eder Militao, primul transfer la Real Madrid, de la revenirea lui Zidane

Militao este un jucător crescut de Sao Paulo, pentru care a debutat la profesioniști în mai 2017, la 19 ani și pentru care a adunat 37 de meciuri. Caracterizat drept un fundaș central modern și puternic (1,86 metri), care citește bine jocul, brazilianul e titular în defensiva lui FC Porto, echipă care domină campionatul portughez, dar poate juca și în partea dreaptă a defensivei, poziție pe care a debutat la Sao Paulo.

Dorit de Chelsea, Manchester United sau Barcelona, Militao a ajuns în cele din urmă la Real Madrid, putându-i călca pe urma lui Pepe, un alt fundaș central de origine braziliană care a făcut carieră la Real Madrid după ce a urmat același traseu și cu care Militao este acum coleg la Porto.

Eder Militao a debutat deja la naționala mare a Braziliei, în septembrie 2018, într-un amical cu El Salvador. A fost integralist și a jucat fundaș dreapta în partida încheiată cu victoria la scor a echipei lui Tite, 5-0.

În acest sezon, Militao a jucat în 33 de meciuri oficiale pentru Porto și a marcat de trei ori.