Bugetul Curții de Conturi va fi administrat în mod independent, potrivit legii. Curtea de Conturi va prezenta Ministerului Finanţelor, în procesul consultărilor organizate pentru cadrul bugetar pe termen mediu, proiectul bugetului propriu pentru anul următor şi pentru doi ani ulteriori. Proiectul bugetului va fi prezentat Parlamentului spre examinare şi aprobare până pe data de 10 mai a anului în curs. Parlamentul va aproba bugetul Curţii de Conturi pentru anul următor până la 1 iulie a anului în curs.

„Pe când bunele practici europene oferă o autonomie financiară lărgită instituției supreme de audit public extern, legislația Republicii Moldova, în esență, subordonează discreției executivului finanțarea Curții de Conturi. Noul proiect de lege are drept scop să rectifice aceste breșe și să redea Curții de Conturi independența financiară, astfel încât instituția să se poată concentra pe avansarea misiunii sale cu minimum interferențe din partea factorului politic”, menționează autorii inițiativei legislative în nota informativă a proiectului.

În prezent, Curtea de Conturi se finanțează de la bugetul de stat în limita alocațiilor bugetare aprobate prin legea bugetară anuală.