„Prima zi într-o funcție nouă - Consilier al Ministrului Afacerilor Externe și Integrării Europene al Republicii Moldova. Într-un ceas bun să fie!”, a scris Cibotaru pe Facebook.

Acesta a preluat conducerea PLDM în 2016, la aproape un an de la arestul lui Vlad Filat. Până atunci, Cibotaru a fost director de programe la Institutul de Politici Publice (IPP), șef al Centrului de Informare și Documentare despre NATO din Republica Moldova.

Pe 18 februarie 2015 a fost numit în funcția de ministru al Apărării al Republicii Moldova, pe care a exercitat-o până la 30 iulie 2015, când în noul guvern a fost înlocuit în funcție de liberalul Anatol Șalaru.

Pe 9 septembrie 2018, Cibotaru a cedat funcția de președinte al PLDM lui Tudor Deliu.

În urma rocadei, între Cibotaru și Deliu au apărut și disensiuni. Înainte de alegerile din februarie 2019, Cibotaru i-a criticat pe Facebook pe liberal-democrații care candidează la alegerile parlamentare din partea blocului „ACUM”. „Să vedem cât de repede își vor aduna semnăturile curajoșii și iubiții de popor „unioniștii” și „independenții” - foști pldm-iști”, a scris Cibotaru la adresa liberal-democraților. La postarea sa a reacționat actualul lider al PLDM, Tudor Deliu. Acesta a comentat că Viorel Cibotaru „scuipă în ulciorul din care a băut multă apă”.