În Transnistria au urmat o serie de proteste față de Guvernul republican de la Chișinău. Pe 27 august 1991, Parlamentul Republicii Moldova a adoptat Declarația de Independență a Republicii Moldova, al cărei teritoriu cuprindea și raioanele din stânga Nistrului. Astfel, în noaptea zilei de 1 spre 2 martie 1992, mai multe detaşamente ale cazacilor au atacat secţia de poliţie din Dubăsari, care era asigurată cu blindate din dotarea armatei ruse, şi au luat ostatici un grup de polițiști loiali Chișinăului.

Pe parcursul lunii martie au urmat mai multe apeluri către comunitatea internaţională ale preşedintelui Mircea Snegur şi ale Parlamentului de la Chişinău, care denunţau agresiunea comisă de fosta Armată a 14-a a Rusiei pe teritoriului Republicii Moldova. Deşi Moscova respingea aceste acuzaţii, ea a continuat să sprijine în mod direct regimul separatist.

La scurt timp, Chișinăul a autorizat o intervenție militară împotriva forțelor rebele care atacaseră posturile de poliție de pe malul estic al Nistrului.

La războiul din 1992 au participat circa 30 de mii de persoane, dintre care 287 au decedat: 198 de militari din Armata Naţională şi 89 persoane din cadrul Ministerului de Interne. Alții aproape 300 au rămas invalizi.

La 21 iulie 1992, Republica Moldova și Federația Rusă au semnată o Convenție cu privire la principiile reglementării pașnice a conflictului armat din regiunea transnistreană a Republicii Moldova. Chiar și după încetarea focului, Rusia a continuat să ofere regimului separatist sprijin militar, politic și economic, permițându-i să supraviețuiască și conferindu-i un anumit grad de autonomie față de Moldova.

Trupele rusești staționează în continuare pe teritoriul moldovenesc, în pofida obligațiilor asumate de Rusia la Summit-urile OSCE din 1999 și 2001.